清代八旗组织由满州八旗、蒙古八旗和汉军八旗组成，蒙古八旗编制与满州八旗相同。

蒙古八旗是在蒙古牛录基础上逐渐发展而来的。1621年，内喀尔喀蒙古台吉古尔布什、莽果尔率众六百余户归附努尔哈赤，尔哈赤授古尔布什和莽果尔为总兵，拨满州牛录和蒙古牛录各一给古尔布什，蒙古牛录隶属于满州八旗，蒙古八旗是在蒙古牛录基础上，组建蒙古旗，后又改为左右翼。由于归附的人数日益增多，于是1635年皇太极把归附于后金的蒙古人与早先归降的满州八旗下的部分蒙古人分编为蒙古八旗，每旗三百人为一牛录，由牛录额真统领，五牛录组成一参领，五参领组成一旗，每旗设都统一人，副都统二人，还有参领，佐领等。

蒙古八旗的组成为：（1）津扎多尔济等，合在内旧喀喇沁和旧蒙古壮丁1356名为正黄旗，阿岱为旗长。（2）乌斯库拜浑岱等，合在内旧喀喇沁壮丁1415名及旧蒙古为镶黄旗，达赖为旗主。（3）昂阿斡济泰等与在内旧喀中沁壮丁800名合旧蒙古为正红旗，恩格图为旗主。（4）苏木尔赖湖尔等壮丁与在内喀喇沁壮丁1016名，合旧蒙古为镶红旗。额驸布彦岱为旗主。（5）布尔哈图等与在内旧喀喇沁壮丁8090名，合旧蒙古为正白旗。伊拜为旗长。（6）拉木布哩等与在内旧喀喇沁壮丁980名，合旧蒙古为镶白旗。额驸苏纳为旗长。（7）锡喇奇塔特等与在内旧喀喇沁壮丁860名，合旧蒙古为正兰旗。武赖为旗长。（8）诺木齐锡赖图等与在内旧喀喇沁壮丁913名，合旧蒙古为镶兰旗。瑚什布为旗长。

蒙古八旗人的文化素质较高，多在新城或各驻防省份担任高官。这些八旗蒙古知识分子一般都通晓蒙汉两门语言，有的甚至会使用多种文字，据统计，八旗人中任理藩院尚书者有十四人，出任六都二院有书一级官员有三十余人，而且许多的蒙古知识分子都为清朝的国家建设出了很大的力。如阿鲁特氏赛尚阿和崇绮，明安图等。

蒙古八旗在清代统治中发挥了重要的作用，八旗蒙古人既是旗人又是蒙古族，对满清统治起到了重要作用。